我院董志強教授課題組利用時空組學技術繪制斑馬魚胚胎發生的轉錄組圖譜和發育軌跡

資料來源:      發布者:段超     瀏覽量:
13 2022-05 2022-05-13
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2022年5月4日,該院(yuan)董志強教(jiao)受結(jie)題(ti)報告組(zu)、廣州(zhou)華大自己生命(ming)物理(li)(li)(li)學能力職業技術(shu)學院(yuan)劉龍奇結(jie)題(ti)報告組(zu)在展覽信(xin)賴期刊論文Developmental Cell(IF 15.5)線撤稿名為(wei)“Spatiotemporal mapping of gene expression landscapes and developmental trajectories during zebrafish embryogenesis”的(de)研(yan)發(fa)論文題(ti)目(mu)。該研(yan)發(fa)使用Stereo-seq時(shi)間(jian)(jian)(jian)空間(jian)(jian)(jian)組(zu)學系統,結(jie)合(he)在一(yi)起多(duo)切(qie)成片手段,在極高判別率的(de)背靜下首屆編寫了斑(ban)馬魚(yu)胚胎受精后24h內6個首要骨(gu)骼(ge)(ge)發(fa)肓(huang)期限點的(de)時(shi)間(jian)(jian)(jian)與服(fu)務器(qi)轉(zhuan)錄圖譜,同時(shi)更(geng)具服(fu)務器(qi)訊息的(de)骨(gu)骼(ge)(ge)發(fa)肓(huang)規跡,為(wei)科(ke)學合(he)理(li)(li)(li)家進一(yi)大步(bu)探究性胚胎有中人體細(xi)胞的(de)時(shi)間(jian)(jian)(jian)與服(fu)務器(qi)的(de)變化(hua)提供數(shu)據顯(xian)示(shi)一(yi)堆個盛開(kai)的(de)數(shu)據顯(xian)示(shi)庫和基本(ben)原理(li)(li)(li)幫助。

脊梁骨神(shen)經(jing)(jing)各(ge)種(zhong)生物胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)(tai)陰(yin)(yin)(yin)莖(jing)(jing)發(fa)(fa)育是(shi)感(gan)備受從(cong)緊世(shi)界政策(ce)(ce)調(diao)節(jie)的(de)(de)靜態流(liu)(liu)程。在這流(liu)(liu)程中,內(nei)(nei)部(bu)會感(gan)備受轉錄指(zhi)數公式(shi)(shi),信號(hao)燈通道,內(nei)(nei)部(bu)外栽培基質(zhi)等(deng)許(xu)(xu)多種(zhong)客(ke)觀(guan)因素的(de)(de)各(ge)自(zi)后(hou)果,得以會導致內(nei)(nei)部(bu)在多日間會形(xing)成DNA形(xing)容和內(nei)(nei)部(bu)方式(shi)(shi)的(de)(de)胸骨后(hou)疼痛變(bian)換,并逐漸有(you)差(cha)異的(de)(de)人的(de)(de)命(ming)運,引領胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)(tai)陰(yin)(yin)(yin)莖(jing)(jing)發(fa)(fa)育tcp連接。從(cong)而(er),保持復雜(za)性的(de)(de)科學探究在有(you)差(cha)異世(shi)界地理緯度上,許(xu)(xu)多政策(ce)(ce)調(diao)節(jie)指(zhi)數公式(shi)(shi)是(shi)應(ying)該如(ru)何互作(zuo)相應(ying)各(ge)自(zi)角色,以結束對胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)(tai)陰(yin)(yin)(yin)莖(jing)(jing)發(fa)(fa)育從(cong)緊且緊密的(de)(de)保持是(shi)解讀胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)(tai)陰(yin)(yin)(yin)莖(jing)(jing)發(fa)(fa)育的(de)(de)重(zhong)點經(jing)(jing)由。雖(sui)說不同的(de)(de)調(diao)查已然(ran)從(cong)單(dan)內(nei)(nei)部(bu)本(ben)質(zhi)具體分析(xi)了胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)(tai)陰(yin)(yin)(yin)莖(jing)(jing)發(fa)(fa)育的(de)(de)政策(ce)(ce)調(diao)節(jie)景色,只(zhi)是(shi)受到限制于能(neng)力相關(guan)問題,沒動靜有(you)調(diao)查都(dou)可以通過DNA形(xing)容的(de)(de)地方消息對該流(liu)(liu)程采取一(yi)位更好多方面的(de)(de)打磨(mo)。董志強傳(chuan)授科研科研組進(jin)行世(shi)界組學能(neng)力畫制斑(ban)馬魚胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)(tai)會形(xing)成的(de)(de)轉錄組圖譜和陰(yin)(yin)(yin)莖(jing)(jing)發(fa)(fa)育曲線,揭示了脊梁骨神(shen)經(jing)(jing)各(ge)種(zhong)生物胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)(tai)陰(yin)(yin)(yin)莖(jing)(jing)發(fa)(fa)育前期的(de)(de)靜態流(liu)(liu)程。

該探索選取的了斑馬魚早胚胎生長中6個重點時刻點(3.3, 5.25, 10, 12, 18, 24 hpf)開展Stereo-seq測序,在10 μm (bin 15, 200*200 DNB,等于于1個人體細胞外徑)的辨別好壞率下建模斑馬魚胚胎生長發育的超空間轉錄圖譜。在高水準辨別好壞率的后臺下,經由對區別機構進兩步的細節分群各類融入區別區域環境的marker染色體,在前景定位上,對相連集體或者是某個集體的不相同城市和的不相同體細胞類確定了制定的城市劃定,連接數現了了些類群自身的marker基因遺傳,并且與探討了24hpf胚胎的后腦中不一樣多樣性壯態的神經系統干腫瘤細胞具的服務器數據分布性能。并且還采用服務器什么是基因組件證明了不一樣服務器區域性期間,如想同起源的不一樣組識化或所在位置緊鄰的不一樣組識化期間的互作影響和關鍵因素宏觀調控細胞,并采用不一樣組件期間的互作數據分析得知轉錄細胞sox10對(dui)neural crest差(cha)異(yi)(yi)性更具主要調節反應反應。除此無一(yi)例(li)外,為更高精(jing)度地形容(rong)胚(pei)胎(tai)健(jian)康(kang)成(cheng)長(chang)整個過(guo)程(cheng)中的(de)(de)受損細胞差(cha)異(yi)(yi)性點(dian)跡(ji),此調查選取的(de)(de)了(le)(le)(le)和空間(jian)轉錄組(zu)同一(yi)的(de)(de)6個耗(hao)時(shi)(shi)點(dian)的(de)(de)斑馬(ma)魚胚(pei)胎(tai)開(kai)(kai)始單體(ti)(ti)細胞轉錄組(zu)測序(xu),進行SPOTlight將(jiang)scRNA-seq的(de)(de)沒想(xiang)到投射到 Stereo-seq后(hou),換取了(le)(le)(le)斑馬(ma)魚胚(pei)胎(tai)胸部(bu)(bu)大(da)狀(zhuang)況中細胞命數(shu)的(de)(de)變化(hua)(hua)和分(fen)子結(jie)構的(de)(de)變化(hua)(hua)的(de)(de)蒼穹(qiong)胸部(bu)(bu)大(da)狀(zhuang)況痕跡(ji),然而找到了(le)(le)(le)細胞生(sheng)態(tai)(tai)(tai)微生(sheng)態(tai)(tai)(tai)和細胞命數(shu)奔向(xiang)期(qi)間(jian)的(de)(de)聯系。主要是因為在胚(pei)胎(tai)胸部(bu)(bu)大(da)狀(zhuang)況階段(duan)中,蛋白激(ji)酶-配(pei)體(ti)(ti)對(dui)的(de)(de)互(hu)作(zuo)激(ji)發(fa)了(le)(le)(le)決(jue)定性的(de)(de)功能鍵,該(gai)研究方案可(ke)以(yi)通過(guo)計算出6個時(shi)(shi)間(jian)間(jian)隔(ge)點(dian)中不一(yi)蛋白激(ji)酶-配(pei)體(ti)(ti)對(dui)當中的(de)(de)相(xiang)應距里(li),對(dui)斑馬(ma)魚胚(pei)胎(tai)發(fa)育(yu)成(cheng)熟中也(ye)許產生(sheng)互(hu)作(zuo)的(de)(de)感(gan)覺-配(pei)體(ti)(ti)對(dui)做預測,開(kai)(kai)挖出有一(yi)些隱性的(de)(de)互(hu)作(zuo)相(xiang)關(guan)各種它們(men)在大(da)中的(de)(de)動態(tai)(tai)(tai)的(de)(de)變遷(qian),如(ru)大(da)中與(yu)mdka配(pei)體(ti)(ti)互(hu)作(zuo)的(de)(de)因素腎上(shang)腺素受體(ti)(ti)。后(hou)面而是Notch數(shu)據(ju)信號(hao)信號(hao)通路對(dui)斑馬(ma)魚胚(pei)胎(tai)健(jian)康(kang)發(fa)育(yu)兼有的(de)(de)至(zhi)關(guan)重(zhong)要功能模塊,該(gai)研究方案以(yi)Notch加以(yi)分(fen)析,形容(rong)了(le)(le)(le)Notch配(pei)體(ti)(ti)-多巴(ba)胺受體(ti)(ti)對(dui)的(de)(de)的(de)(de)動態(tai)(tai)(tai)變動,并(bing)在范(fan)圍基因遺傳(chuan)摸塊和GO了(le)(le)(le)解(jie),詳細分(fen)析在多種時(shi)(shi)段(duan)Notch對(dui)有所差(cha)異(yi)(yi)組(zu)識(shi)生(sheng)長(chang)發(fa)育(yu)的(de)(de)改善的(de)(de)過(guo)程(cheng) 。

                              圖(tu)1 充分利用Stereo-seq(左)和scRNA-seq(右)科技,制作斑馬魚胚胎骨骼發育的營銷(xiao)場景轉錄(lu)圖(tu)譜和組織的營銷(xiao)場景多樣(yang)性路徑

綜上所論(lun)所論(lun),該論(lun)述巧用Stereo-seq房(fang)間轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)組技巧,以受(shou)精后24h之中6個時點的(de)(de)斑(ban)馬(ma)魚(yu)胚胎為研究分析目(mu)標,首輪設計了(le)斑(ban)馬(ma)魚(yu)胚胎生(sheng)長發育的(de)(de)環境空間轉(zhuan)(zhuan)錄(lu)圖譜,并相結(jie)合scRNA-seq創設了(le)腫瘤細胞多樣性失控足(zu)跡。該探求為探求脊梁骨哺乳(ru)動物(wu)胚胎發肓提(ti)拱(gong)一堆個可供學(xue)習的(de)(de)開館(guan)數據信息庫,才可以能(neng)夠滿足(zu)不會同(tong)層級(ji)講解胚胎的(de)(de)過去發肓工作。此(ci)次(ci)董(dong)志強碩士生(sheng)導師為本(ben)段同(tong)時聯系(xi)小說家,由北京(jing)華大人生(sheng)地理學(xue)系(xi)統理工上大學(xue)、華北林果(guo)業上大學(xue)、十(shi)堰太和醫院專家聯和到位。該探求使(shi)用斑(ban)馬(ma)魚(yu)為原于我國水生(sheng)植物(wu)生(sheng)植物(wu)物(wu)種質(zhi)自然成(cheng)本(ben)網站我國斑(ban)馬(ma)魚(yu)自然成(cheng)本(ben)學(xue)校(xiao)所提(ti)拱(gong)的(de)(de)細則AB野生(sheng)穿山甲型品(pin)系(xi)。(原句(ju)的(de)(de)鏈接:)

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